La généralisation du pilotage de la recherche par l’appel à projets (AAP) lors de la création de l’ANR en 2005 ainsi que la mise en place des PIA ont conduit à une restructuration profonde du paysage de la recherche.
La recherche fondamentale non programmable est de facto asséchée, ainsi que toute recherche innovante. Les récents Prix Nobel de physique et de chimie ont tous indiqué que leurs travaux n’auraient pas été financés par les systèmes actuels.
Les valeurs de solidarité au sein des équipes et des laboratoires, à l’intérieur des laboratoires et des établissements ont été remplacées par une compétition stérile.
On constate que les appels à projets ont un impact à différents niveaux de l’ESR, en particulier sur la recherche depuis la loi LRU de 2007 et la loi du 22 juillet 2013 qui fixe les modalités de regroupement des établissements (fusion, Comue, association) et leur statut.