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Le Crédit Impôt Recherche (CIR), dégrèvement d'impôt pour les entreprises sur leurs dépenses de recherche, à l'origine plafonné très bas et proportionnel à l'accroissement des dépenses de R&D de l'entreprise, avait pour but d'inciter les PME à faire plus de recherche. Cet effet incitatif contestable (entre 2002 et 2006, les aides de l'Etat se sont accrues de 1,5 milliard et les dépenses de recherche des entreprises de 500 millions seulement) a été remplacé par la réforme de 2008 en une défiscalisation de 30 % de l'ensemble des dépenses. Aujourd'hui, le CIR représente un investissement pour l'État de l'ordre de 4 milliards d'euros par an [en 2009] en créances fiscales, faisant plus que doubler en trois ans. Pour donner un ordre de grandeur, recruter 60 000
personnes de plus dans l'enseignement supérieur et la recherche, en dix ans, coûterait 300 millions de plus par an.
Le rapport Carrez du 2 Juillet 2009 indique que le CIR ne sert que très partiellement à la recherche, que "le CIR bénéficie massivement aux grandes entreprises. (...) le gain de la réforme (...) sera concentré à près de 80 % sur les entreprises de plus de 250 salariés (...) a contrario, les PME n'obtiendront qu'environ 20 %" et que c'est le secteur tertiaire (banques, assurances, sociétés de conseil) qui est le grand bénéficiaire du CIR «le secteur des services (...) représente près des deux tiers des créances, en particulier les entreprises de services bancaires et d'assurances (...). La tendance lourde est bel et bien à une concentration de celui-ci [le CIR] sur les entreprises de services".
Il n'y a aucun contrôle scientifique du contenu des factures donnant droit au CIR, ce que confirme le rapport Carrez : "contrairement aux procédures utilisées en matière d'aides directes, le CIR est accordé sur la base d'une simple déclaration". Si prompt à demander de multiples évaluations pour
justifier de l'utilisation du moindre centime pour le secteur public, le gouvernement fait preuve de beaucoup plus de largesse lorqu'il s'agit de gaver ses amis du MEDEF.
Il faut donc supprimer le CIR et le remplacer par un système moins onéreux, efficace, transparent et évalué, servant uniquement la recherche. Déjà en 2005 les Etats Généraux de la Recherche proposaient "la création d'un système de « crédit d'impôt flottant » pour inciter toutes les entreprises à investir dans la recherche : dans les secteurs prospères (banques, assurances, services, grande distribution, bâtiment), les entreprises faisant des bénéfices et qui consacrent moins d'un certain pourcentage, de leur chiffre d'affaire à la recherche, devront avoir une participation volontaire alimentant le budget des programmes sectoriels".
Ne serait-ce pas toujours d'actualité?